第213章 计算生物学研究 四（1 / 2）
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接下来的两周，徐辰和刘伟成了实验室里的“黄金搭档”。
徐辰负责设计实验方案，计算加样量和时间点；刘伟则负责具体的湿实验操作。
刘伟不愧是博五的“资深科研狗”，操作手法娴熟无比。
“质粒构建，Gibson组装体系，50度反应15分钟。”刘伟一边念叨着，一边用移液枪精准地吸取微量的DNA片段。他的手很稳，枪头悬停在离液面0.1毫米的地方，轻轻一压，液体便如丝般滑入。
“转化感受态细胞，冰浴30分钟，42度热激90秒，复苏1小时。”
……
然而，实验并不总是一帆风顺的。
第三天，第一批转化结果出来了。
“徐神，情况不对。”刘伟拿着培养皿，眉头紧锁，“这批菌落长得太慢了。按照你的设计，我们用的是弱启动子来压低PFK的表达量。但是现在看来，压得太狠了，菌体好像……快饿死了。”
徐辰接过培养皿，对着光看了看。确实，上面的菌落细小如针尖，几乎看不见。
“不应该啊。”徐辰调出模型数据，“根据奇异摄动理论的计算，35%的活性是临界点。只要高于这个值，糖酵解通量应该能维持基本的生存需求。”
“除非……”徐辰的目光突然变得锐利，“除非我们忽略了什么。”
他迅速打开电脑，重新检查了一遍那个庞大的微分方程组。
几分钟后，他猛地一拍大腿。
“大意了！我忽略了‘渗漏表达’！”
徐辰指着屏幕上的一行参数，有些懊恼地说道：“我用的这个启动子，虽然理论强度是弱的，但在大肠杆菌的实际环境中，它会有一定的基础渗漏。也就是说，即使我不加诱导剂，它也会偷偷地表达一点点酶。”
“而在我的模型里，我假设它是完美的开关。这就导致实际的酶活性比我计算的要高，反而触发了细胞的负反馈调节，把整个通路给锁死了。”
徐辰在心里狠狠地吐槽了自已一句：这就是数学家的傲慢啊。总以为世界是完美的球体，结果现实却是个坑坑洼洼的土豆。生物系统里的噪音，有时候比信号还大。
“那怎么办？重做？换个更严谨的启动子？”刘伟问道，手里已经准备去拿废液缸了。
“不，不用重做。”徐辰抬手拦住了他，眼神中闪过一丝疯狂的数据流，“既然它喜欢渗漏，那我们就把渗漏也算进去。给我十分钟，我修正一下边界条件。”
徐辰的手指在键盘上飞舞，屏幕上的代码如瀑布般流下。他并没有推翻模型，而是引入了一个“噪音项”，将那个不可控的渗漏表达量，强行纳入了微分方程的解空间。
“既然关不紧水龙头，那就计算水滴漏下的频率，然后……利用它。”
十分钟后，回车键敲响。一个新的数值跳了出来。
“老刘，把诱导剂IPTG的浓度，从0.1M降到0.005M。我们做一点‘微调’，一点一点地把它的活性逼到那个临界点上。”
“0.005M？”刘伟瞪大了眼睛，差点以为自已听错了，“这也太低了吧？这跟没加有什么区别？这完全是顺势疗法的浓度啊！这能行吗？”
“如果不信数学，我们还有别的选择吗？”徐辰反问道，目光灼灼，“如果不靠计算，让你凭经验去试，你会试0.005这个浓度吗？”
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